ОКК установила пределы Зоны безопасности между конфликтующими сторонами. Её протяженность — 225 км, ширина — от 12 до 20 км. Перед комиссией была поставлена задача развести конфликтующие стороны и организовать ввод миротворческих сил в зону конфликта. Функции по охране мира в регионе ложились на Совместные миротворческие силы из числа российских, молдавских и приднестровских военнослужащих. Таким образом, впервые в мировой практике проведение миротворческой операции было поручено, в том числе, вчерашним участникам конфликта. Важными элементами миротворческой операции стали Объединённое военное командование и институт военных наблюдателей.
Формирование ОКК было проведено тремя сторонами на паритетной основе. Все решения ОКК принимаются только методом консенсуса. Возможность наложить вето на решение предоставлена любой из трех делегаций. Местом пребывания и заседания Объединенной контрольной комиссии стал город Бендеры, вместе с окрестностями объявленный районом с повышенным режимом безопасности.
Подтверждая свой высокий межгосударственный статус, 21 июля 1994 года ОКК подписала с Организацией по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ) «Принципы сотрудничества между Миссией ОБСЕ и ОКК в Зоне безопасности» — условия этого соглашения действуют и сегодня. В 1998 году к миротворческой операции через институт военных наблюдателей присоединилась Украина, а также представители миссии ОБСЕ.
Роль Объединённой контрольной комиссии в мирном урегулировании конфликта сложно переоценить. Руководящий орган миротворческой операции создал условия, позволяющие сторонам в мирных условиях вести диалог и путём переговоров решать самые сложные дискуссионные вопросы.
