1 июля 1569 года в торжественной обстановке послы Великого княжества Литовского и депутаты польского сейма подписали в Люблине акт об унии, создававшей новое федеративное государство, которое войдёт в историю под именем Речи Посполитой (польск. Rzecz Pospolita – общее дело). Официальным же названием нового государства стало «Королевство Польское и Великое княжество Литовское». Так завершился многовековой процесс сближения двух могучих соседних держав Средневековья.
Его начало положила Кревская уния, заключённая в далёком 1385 году, по условиям которой литовский великий князь Ягайло вступал в брак с польской королевой Ядвигой и становился польским королём. Основой этого союза являлась династия Ягеллонов – потомков Ягайлы, представители которой занимали троны обеих держав, причём зачастую у обеих из них был один правитель (Казимир IV, Александр Ягеллон). Занимал оба престола и Сигизмунд II Август (литовский - с 18 октября 1529 года, польский – с 20 февраля 1530 года), в правление которого и была заключена Люблинская уния. Будучи трижды женатым (на Елизаветте Австрийской, Барбаре Радзивилл и Екатерине Австрийской), Сигизмунд тем не менее оставался бездетным, и с его смертью династия Ягеллонов пресекалась, что создавало серьёзную угрозу для польско-литовского союза, ведь именно Ягеллоны были его главной скрепой. Польская католическая партия серьёзно опасалась, что с пресечением династии Ягеллонов Литва, многие магнаты которой придерживались протестантской или же православной веры, может навсегда отделиться от Польши. Эти опасения разделял и Сигизмунд. В самой Литве он нашёл союзников в лице литовского боярства, которое мечтало с заключением унии получить те же привилегии и статус, что и польская шляхта. Главными же противниками унии стали литовские магнаты и князья, которые опасались потерять свои полномочия и права и не получить высоких постов в объединённом государстве. Однако их позиции серьёзно подорвали неудачи Литвы в Ливонской войне, где она пыталась противостоять Русскому царству. В феврале 1563 года русские войска взяли Полоцк, и, хотя литовцам удалось в 1564 году выиграть битву при Чашниках, общий ход войны складывался для Литвы неблагоприятным образом. Великому княжеству Литовскому срочно требовалась польская помощь, но поляки не спешили оказывать её, не получив ничего взамен. Литовским магнатам пришлось уступить.
10 января 1569 года недалеко от Люблина начал работу польско-литовский сейм, должный решить вопрос об унии двух государств. С самого начала переговоры не задались, и вся зима прошла в безрезультатных прениях и препираниях. В знак протеста против польского давления литовская депутация под руководством Николая «Рыжего» Радзивилла в ночь на 1 марта тайком покинула Люблин.
Давление литовского боярства, неудачи в Ливонской войне и необходимость польской военной помощи в борьбе с Русским царством вынудили литовских магнатов возобновить переговоры. Опираясь на поддержку литовского и украинского боярства, король Сигизмунд II Август в марте 1569 издал Универсал (манифест) о присоединении Подляского и Волынского воеводств, Подолья и Киева к Польскому королевству. Король пригрозил конфисковать поместья и лишить должностей тех, кто не присягнёт ему на верность.
После принятия Универсала, который передавал значительную часть литовских земель Польше, 5 апреля литовская депутация под руководством Яна Ходкевича вернулась и продолжила переговоры. 24 мая 1569 г. литовские посланники принесли присягу Короне Польской. Вслед за тем было объявлено о присоединении к Польскому королевству Киевского и Брацлавского воеводств. Под властью Литвы остались только северо-западные русские земли: Берестейщина и Пинщина.
27 июня 1569 года литовские послы согласились со всеми пунктами унии, предложенными польской стороной. 28 июня Люблинская уния была подписана окончательно. 1 июля 1569 г. послы Великого княжества Литовского и отдельно депутаты польского сейма подписали акт об унии, тем самым ратифицировав её с обеих сторон. 4 июля 1569 уния была дополнительно ратифицирована Сигизмундом II Августом в Люблинском замке.
Таким образом, оба государства имели одного государя, которого каждый раз избирали сообща (без наследственного преемства власти), общий сейм и сенат ("паны рада"). Таможенные границы между Польшей и Литвой упразднялись.
За Великим княжеством Литовским сохранялась государственность в виде собственного права (Статут) и суда, администрации, войска, казны и государственного языка. Польша и Литва имели собственные армии.
Произошло формальное уравнивание панов-магнатов (Украина, Беларусь), литовской знати и польской шляхты. Уния окончательно закрепляла строй шляхетской «золотой вольницы». Она не столько укрепила королевскую власть (чего желал Сигизмунд II Август), сколько усилила позиции шляхты, увеличив и её численность. Законодательно закреплённый принцип «либерум вето» позволял сейму принимать важные решения только единогласно. Данная норма практически парализовала его работу.
Девизом Речи Посполитой стало латинское изречение Si Deus Nobiscum quis contra nos (Если с нами Бог, то кто против нас).
Так приднестровские земли севернее реки Ягорлык, входившие в состав Брацлавского воеводства Великого княжества Литовского, воевода которого князь Роман Сангушко на Люблинском сейме принёс присягу польской короне на условиях, что шляхта воеводства сохранит свои привилегии, отошли вместе со всем воеводством к Польскому королевству. Специальная королевская комиссия в 1570 году вновь определила границы воеводства, которые теперь на западе проходили по реке Мурафа, а на юго-востоке по Днестру.
В конце XVI века большую часть воеводства всё ещё составляли малолюдные земли. Хозяйственная жизнь сосредотачивалась в основном непосредственно возле королевских замков. Однако поселенцы постепенно осваивали пустующие земли, даже вдоль опасной южной границы с татарскими ордами и Османской Портой. В 1598 году все суды и сеймики воеводства были перенесены из Брацлава в Винницу, которая и стала считаться новой столицей. Воеводство представляли два сенатора (воевода и кастелян Брацлава), шесть депутатов Сейма и два депутата Малопольского трибунала в Люблине. Кроме того, как и в соседнем Подольском воеводстве, в Брацлаве были свои пограничные судьи, которые сотрудничали с официальными лицами Османской Порты и Крымского ханства, разрешая конфликты между гражданами двух держав. С начала XVII века на картах Королевства Польского и Великого княжества Литовского появляется название «Рыбница».
В подвешенном положении оказалось в Речи Посполитой казачество. В Польше той эпохи существовало лишь три сословия - шляхетское, мещанское и холопское. Казаки же не обладали определенной организацией, и лишь отправляясь в поход, выбирали себе предводителей. Возвращаясь же назад, поступали под ведение старост.
Население Приднестровья всегда было православным. В составе Великого княжества Литовского православные имели равные права с католиками, но в Польше ситуация была иной. Включение Приднестровья в состав католического Польского королевства резко обострило отношения католиков и православных.
В 1596 году на Брестском соборе была провозглашена церковная уния. Несмотря на то, что подписанные ранее договоры Польской короны давали Брацлавскому воеводству некоторые свободы и права, например употребление русского языка в государственной практике - все указы должны были быть написаны на русском языке, уния положила этому конец. Польская конституция позволяла шляхтичу вмешиваться в религиозную жизнь подданных. Шляхта запрещала православным отправлять религиозные обряды, преследовала тех, кто отказывался насильно принять унию, обязывала содержать католическое духовенство. По всему Брацлавскому воеводству открывались иезуитские коллегиумы и базилианские монастыри. Православных детей обязывали обучать в иезуитских школах и монастырях. Приднестровье не стало исключением.
В экономическом плане в конце XVI - начале XVII века в Приднестровье наблюдался экономический подъем. Приток беглых в Приднестровье увеличивал численность казаков и способствовал основанию новых селений. К этому времени относится появление Валадынки (Валя-Адынкэ), Белочей, Хрустово (Хрустовая), Рыбницы.
Казаки начинают играть важную роль в политической жизни не только Польши, но сопредельных государств: Молдавии, Турции, Крымского ханства и России. В конце XVI века походы казаков в Молдавию, Турцию, Крым проводятся на постоянной основе, что серьёзно обострило отношения с этими государствами.
Один из казацких лидеров, Иван Подкова, выдававший себя за брата Иоанна-воеводы, в 1577 г. даже несколько недель занимал престол Молдавского княжества в его столице Яссах. Замыслив создание буферного казацко-молдавского государства по обоим берегам Днестра, Подкова обратился с просьбой к польскому королю Стефану Баторию помочь казакам. Но схваченный поляками и ненавидимый королем как предводитель «казацкого быдла», Иван был казнен лютой смертью во Львове. По этому поводу львовская летопись иронично писала, что казака казнили за то, что он защищал Польшу от турок и татар: «1578. Баторий был во Львове и поехал на охоту, а приказал казака Подкову казнить, ибо посол турецкий жаловался на него, что татар бил и до Польши не допускал». Приднестровье стало главной базой для казацких восстаний под предводительством Северина Наливайко и Григория Лободы в 1594-1596 годах. Гетман Наливайко в 1594 г. совершил удачные походы против татар на Бендеры и Килию. После этого в декабре 1595 г. в письме королю Сигизмунду III он откровенно изложил свои планы по созданию казацкого государства под покровительством Польской короны. Эти планы предполагали полное освобождение от татар территории от Днестра до Южного Буга, заселение этих земель казаками, которые будут свободны и послушны польской державе, выступая ее защитниками. Территории предполагаемого казацкого государства в письме обрисовывались как «пустыни между Бугом и Днестром на турецком и татарском шляху, между Тягиною и Очаковым, на пространстве 20 миль от Брацлава, где от сотворения мира никто не обитал». В ответ на такую «милость» короля, если бы она в действительности была бы оказана, казаки обязывались защищать Польское королевство от набегов всех его недругов, главным образом татар и турок.
Несмотря на то, что предложение о создании в Татарской пустыне от Днестра до Буга или даже Днепра отвечало интересам Польской короны (она формально прирастала землями, которые ей не принадлежали), Польша не могла допустить образования казацкой вольницы, подвластной лишь гетману. В этом случае центр казачества перемещался с Днепра, из Запорожья на Днестр, где Наливайко планировал построить мощную казацкую крепость. Возможно, даже где-то в районе будущего Тирасполя. Поэтому гетман был схвачен и вывезен в столицу Польши. В течение года Северин Наливайко подвергался пыткам, а после этого его казнили в Варшаве во время Сейма. Центр казачества остался в Запорожье и больше никто не строил планов переноса его на Днестр.
Польско-турецкие войны не раз превращали Приднестровье в арену кровавых схваток и жертву набегов татар.
В 1654 году через Приднестровье путешествовал Антиохийский патриарх Макарий. Павел Алеппский, сопровождавший патриарха, записал в своем дневнике:
«В субботу 10 июня (1654 г.), мы подъехали к берегу великой реки Нистроса (Днестра), которая составляет крайний предел страны Молдавской и начало границы земли казаков. Мы переправились через реку на судах. ...Навстречу ему вышли тысячи народа, в несметном множестве (Бог да благословит и умножит их!). То были жители города, по имени Рашков. Это очень большой город, построенный на берегу упомянутой реки; он имеет крепость и деревянный форт с пушками. В числе встречавших были: во-первых, семь священников в фелонях с крестами, ибо в городе семь церквей, затем дьяконы, потом сотник, то есть начальник крепости и города со многими хоругвями и свечами, сердар (войсковой начальник), войско и певчие, которые, как бы из одних уст, пели стихиры приятным напевом ...Как мы приметили, в этой стране, то есть у казаков, есть бесчисленное множество вдов и сирот, ибо со времени появления гетмана Хмеля (Богдана Хмельницкого) и до настоящей поры не прекращались страшные войны. ...Число грамотных особенно увеличилось со времени появления Хмеля (дай Бог ему долго жить!), который освободил эти страны и избавил эти миллионы бесчисленных православных от ига врагов веры, проклятых ляхов». В 1654 году Украина вместе Приднестровьем по решению Переяславской Рады была присоединена к России. После смерти Б. Хмельницкого (1657) пропольские силы предприняли попытку вернуть Малороссию в состав Польши. Преемник Б. Хмельницкого И. Выговский подписал Гадячский договор — формальный трактат, заключённый 6 сентября 1658 в г. Гадяч по которому Малороссия вновь возвращалась под власть польского короля, но уже в статусе автономного образования - «Великого княжества Русского». Договор состоял из 6 пунктов: «1) Всему происшедшему с обеих сторон Днепра положить конец забвения. 2) Войску запорожскому состоять из 30 тыс. чел. и 30 тыс. наемников. 3) Гетману именоваться русским и первым сенатором воеводств Киевского, Брацлавского и Черниговского, по смерти же его избирать преемника вольными голосами из четырех человек каждого названного воеводства. 4) Киевскому митрополиту заседать в сенате вместе с польско-литовским духовенством. 5) Гетману предоставить право возводить по сто человек из каждого полка в шляхетское достоинство. 6) Козакам быть свободными от всех податей и получать вознаграждение наравне с коронными и литовскими войсками». Однако затея Выговского провалилась. Рада снова выбрала в гетманы Ю. Хмельницкого, который присягнул на верность царю, а Выговский бежал в Польшу.
Турецкий путешественник Эвлия Челеби, совершающий свое путешествие с турецкой армией в 1659 году, называл Приднестровье казацкой страной.
Польско-русская война и завершившее её Андрусовское перемирие между Россией и Польшей вернуло Приднестровье Польше, но ненадолго.
В 1672 году османский султан Мехмед IV объявил Речи Посполитой новую войну. Его войско в августе 1672 г. овладело крепостью Каменец (Каменец-Подольский) и продолжило наступление по двум основным направлениям - на Бучач и Львов. Положение Речи Посполитой стало критическим, что вынудило её 17 октября заключить с Турцией Бучацкий мир 1672 года. Хотя польский сейм отказался ратифицировать этот договор (апрель 1673) и война продолжилась, турки заняли Брацлавское воеводство. В сражении под Хотином 11 ноября 1673 года польское войско во главе с великим коронным гетманом Яном Собеским нанесло туркам поражение, но это не изменило общего расклада сил. Бучачский мир 1672 года разделил Правобережную Украину на три части: Подолия вошла в состав Османской империи, Брацлавское и Киевское воеводство составили владения гетмана Петра Дорошенко, остальные земли остались в составе Речи Посполитой.
В 1683 году в новой войне против Турции (1683-1699 гг.) польские войска заняли Подолию и Брацлавщину, которые по условиям Карловицкого мира 1699 года вновь стали частью Речи Посполитой.
В составе Польского королевства в рамках Малопольской провинции Речи Посполитой северные приднестровские земли находились до 1793 года, когда по итогам Второго раздела Польши стали владением Российской империи.
