В Приднестровье имеется один заповедник, созданный ещё в бытность Советского Союза
Приднестровье обладает своей природной жемчужиной — Государственным заповедником «Ягорлык», который был создан в 1988 году. Ягорлыкская заповедная зона, находящаяся в Дубоссарском районе Приднестровской Молдавской Республики, обладает статусом научного заповедника. Создание «Ягорлыка» проходило в целях сохранения в естественном состоянии природного комплекса акватории и береговой зоны Ягорлыкской заводи. Одной из задач в работе заповедного комплекса является поддержание на указанной территории благоприятных условий для воспроизводства редких и исчезающих видов животных и растений. Также, в задачи заповедника входит изучение процессов восстановления экосистем заповедника после длительного антропогенного воздействия — на нынешней территории «Ягорлыка» в течение многих десятков лет осуществлялся выпас овечьих отар.
В настоящее время на территории заповедника обнаружен 101 вид редких растений, которые находятся под государственной охраной. 16 видов занесено в Красную книгу: дрок четырёхгранный (genista tetragona), наголоватка лавандолистная (jurinea stoechadifolia), тонконг молдавский (koeleria moldavica), прострел крупный (pulsatilla ucrainica), несколько видов астрагалов (astragalus) и ковылей (stipa), дороникум венгерский (doronicum hungaricum) и другие.
Также в Ягорлыке отмечено пребывание порядка 180 видов птиц, 14 из которых также являются краснокнижными. В 2000—2005 годах на территории заповедника наблюдались чернозобая гагара (gavia arctica), чёрный аист (ciconia nigra), скопа (pandion haliaetus), осоед (pernis apivorus), орлан-белохвост (haliaeetus albicilla).
Заповедная акватория является местом обитания множества видов рыб. Ихтиофауну «Ягорлыка» составляют как распространённые промысловые виды: щука (esox lucius), судак (sander lucioperca), жерех (aspius aspius), линь (tinca tinca), карп (cyprinus carpio carpio), белый амур (ctenopharyngodon idella), так и непромысловые: рыба-игла (syngnathus typhle), трёхиглая колюшка (gasterosteus aculeatus), горчак (rhodeus sericeus). Редко, но встречается осетровые — стерлядь (acipenser ruthenus).
В ходе исследования заповедной флоры и фауны было выявлено 6 видов амфибий и 8 видов пресмыкающихся, некоторые из которых занесены в Красную книгу: болотная черепаха (emys orbicularis), желтобрюхий полоз (dolichophis caspius), эскулапов полоз (elaphe longissima). Из 36 видов млекопитающих, обитающих в заповеднике, 7 также являются краснокнижными: горностай (mustela erminea), речная выдра (lutra lutra), лесной кот (felis silvestris), барсук (meles meles), европейский суслик (spermophilus citellus), малая кутора (neomys anomalus), малая вечерница (nyctalus leisleri). На территории «Ягорлыка» находятся 387 видов насекомых, 13 из которых — краснокнижные.
По сей день заповедник «Ягорлык» является зоной активной научно-исследовательской работы. Продолжая традиции Академии наук СССР, исследования сотрудников которой были проведены в заповеднике в 1989—1990 годах, в настоящее время исследованиями заповедной экосистемы занимаются как местные, так и приглашённые специалисты и научные работники. Значение заповедника немаловажно и для вузовской образовательной системы в естественно-географической области.
